تم إحداث المجلس العلمي الأعلى بموجب الظهير الشريف رقم: 1.80.270 المؤرخ في 3 جمادى الآخر 1401هـ الموافق لـ8 أبريل1981م، ونص الفصل الأول من الظهير المذكور على تولي جلالة ملك المغرب أمير المؤمنين
تمت إعادة تنظيم جامعة القرويين بموجب الظهير الشريف 1.15.71 المؤرخ في 07 رمضان 1436هـ (24 يونيو 2015م) الذي حدد مهامها والمعاهد التابعة لها، وكيفيات سيرها، ونظام الدراسة والتكوين بها