تم إحداث المجلس العلمي الأعلى بموجب الظهير الشريف رقم: 1.80.270 المؤرخ في 3 جمادى الآخر 1401هـ الموافق لـ8 أبريل1981م، ونص الفصل الأول من الظهير المذكور على تولي جلالة ملك المغرب أمير المؤمنين