تم إحداث مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة التي يترأسها أمير المؤمنين جلالة الملك محمد السادس أعزه الله، بموجب الظهير الشريف 1.15.75 الصادر في7 رمضان 1436هـ(24 يونيو2015م)؛ وبموجب الظهير الشريف 1.16.81 الصادر في 16 رمضان 1437هـ(22 يونيو 2016م) تم تحويل مقر المؤسسة إلى مدينة فاس.
ومنذ التأسيس توالى إرساء آليات اشتغالها، ومن ذلك:
